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真的只是认为新的首辅应该做的不是代皇帝行权，而是燮理皇帝与大臣的关系，想把张居正时代即如今过于激烈的**斗争用更和平的方式去处理，而不能再出现为新政诛杀大臣乃至为清理门户也一个司的官员尽诛的情况。
申时行或许认为，新的首辅应该要做的是，让天下数万文官可以通过首辅的燮理，而能够更加配合地去执行皇帝的意志，而不是以结党的方式，在一个权臣的要求下，去完成某项改革，乃至不得不采取各种激烈的手段，去严厉打击不服这权臣且坚持认为大权当为皇帝所有的官员。
毕竟理学如今依旧是占据统治地位的思想。
所以，在忠于朝廷的官员里，大部分官员仍旧坚持认为，大权只有君父掌握才是正常的朝廷，无论是出现权宦、还是出现权臣都是不正常的，与外戚专权、后宫专政没有区别。
而张居正顶在朱翊钧前面推行改革，最大的问题就是因为他成了事实上的权臣，而不为天下许多理学大臣所容，无论他做的事多么正确，但在理学官员们看来，他权力的来源就是不合法的，何况，张居正做的事的确损害了天下官绅豪民的利益。